עלות הבנייה ועלויות התפעול-לארוכות הטווח של בתי מכולות תמיד היוו דאגה גדולה. חוקרים, באמצעות חישובים מקיפים של העלות הכוללת של חומרי בידוד שונים לאורך כל אורך חייהם, גילו כמה תופעות מעניינות: בעוד שכבות בידוד עבות יותר נדרשות באזורי-גובה רב, אין זה אומר בהכרח עלות-יעילות רבה יותר. כמה חומרי בידוד-היי-טק (כגון לוחות ואקום אוויר ג'ל), למרות ביצועי הבידוד המצוינים שלהם, קשה לאמץ באופן נרחב בשל מחירם הגבוה.
ראוי לציין כי אופטימיזציה של התכנון באמצעות שיטות חישוב מדעיות יכולה לא רק להפחית את עלויות הבנייה הראשוניות אלא גם להפחית משמעותית את הוצאות צריכת האנרגיה הבאות. גישת אופטימיזציה הוליסטית זו הופכת את בתי המכולות לתחרותיים יותר במונחים של עלות-יעילות, ומספקת תמיכה חזקה לאימוץ הנרחב שלהם. ממצאים אלו מספקים אסמכתאות מעשיות לתכנון חסכוני של בתי מכולות-בהתחשב הן בהשקעה ראשונית והן בחישוב קפדני של עלויות התפעול לטווח ארוך-.
